Kompleks Candi Gedong II terletak pada titik koordinat 01° 28’ 32.9” LS, 103° 39’ 27.9” BT. Berada di sisi barat Kompleks Candi Gedong I. Kompleks bangunan seluas 75 m x 67,5 m dikelilingi pagar bata dengan pintu gerbang di sisi timur. Di dalamnya terdapat sebuah candi induk dan 2 buah candi perwara. Pada candi perwara pertama (di depan candi induk) terdapat lubang umpak tiang kayu, dari umpak ini dapat kita ketahui pada masa lalu bahwasannya struktur bawah berupa bangunan bata dan di atasnya merupakan bangunan kayu beratap genting. Sedangkan untuk menutup halaman candi berupa lantai bata (pavement).

Selain bangunan candi di lokasi ini juga ditemukan arca gajah di atas punggungnya dinaiki singa, arca model ini sering disebut dengan Arca Gadjahsingha. Saat ini arca tersebut tersimpan di Gedung Koleksi Situs Percandian Muarajambi. Di lokasi Candi Gedong II ketika dilakukan pemugaran gapura masuk tahun 2002 ditemukan sebuah Arca Dwarapala (arca penjaga) di sisi kiri tangga masuk, sekarang arca ini tersimpan di Gedung Koleksi Situs Percandian Muarajambi.